In der Mundhöhle leben über 700 verschiedene Bakterienarten [2]. Viele von ihnen lassen sich mit klassischen Testverfahren nicht nachweisen.

PCR funktioniert wie eine Suchliste: Man findet nur, wonach man ausdrücklich sucht. Vergleichsstudien zeigen deutlich: NGS identifizierte 177 Arten, PCR nur 25 [1]. Auch bei Resistenzgenen ist NGS klar überlegen (34 vs. 7) [1].

NGS kann Zusammenhänge sichtbar machen, nach denen niemand bewusst sucht. Ein eindrucksvolles Beispiel stammt aus der Krebsforschung:

Als Forschende 2012 Darmkrebstumore mit NGS untersuchten, fanden sie überraschend große Mengen des Mundbakteriums Fusobacterium nucleatum [4]. Dieses Bakterium war bis dahin nur für seine Rolle bei Zahnfleischentzündungen bekannt. Dass es auch in Tumoren eines anderen Organs vorkommt, hätte niemand vermutet – und ein PCR-Test hätte es nicht entdeckt.

Die Studie zeigte erstmals, dass Mundbakterien an Erkrankungen beteiligt sein können, die weit über die Mundhöhle hinausgehen. Genau deshalb ist eine umfassende, unvoreingenommene Analyse so wichtig.

PCR ist wie eine Taschenlampe, die in den Nachthimmel leuchtet – man sieht nur den kleinen Bereich, den der Lichtkegel trifft. NGS zeigt das gesamte Universum Ihres oralen Mikrobioms.

PCR basiert auf Primern – kurzen DNA-Sequenzen, die nur zu ganz bestimmten Bakterien passen. Schon ein einzelner nicht passender Primer kann zu 4-10-fachen Messfehlern führen [5].

Und mit mehr als 700 Bakterienarten im Mund kann PCR das Gesamtbild einfach nicht erfassen. PCR erkennt typischerweise nur 5-20 vorab definierte Arten und übersieht damit den größten Teil des Mikrobioms.